Biskop Henrik Stubkjær er Stiftets øverste myndighed i gejstlige spørgsmål, og vælges hertil af Stiftets menighedsrådsmedlemmer og valgmenighedsbestyrelser.
Det indebærer, at biskoppen fører tilsyn. Tilsynet omfatter læren, forkyndelsen, menighedslivet og rammerne herfor. Det vil sige, at tilsynet ikke kun gælder præsterne virke, men menighedslivet og det kirkelige liv i bred forstand.
En biskop udnævnes efter et valg, hvor alle menighedsrådsmedlemmer, valgmenighedsbestyrelser og præster i stiftet, kan opstille kandidater og har stemmeret. Efter indstillingen fra kirkeministeren bliver biskopper kongeligt udnævnt.
Biskop Henrik Stubkjær blev indsat som biskop over Viborg Stift den 26. november 2014.
Sammen med stiftamtmanden udgør biskoppen Stiftsøvrigheden, der er den øverste myndighed i stiftet i økonomiske og i en række administrative spørgsmål.
